Le 4 juillet 2025, les promoteurs du projet GPSO ont déposé un long dossier d'autorisation environnementale dans le cadre de la construction de la ligne nouvelle Bordeaux-Toulouse. Ce dossier, ayant surpris plusieurs collectivités (lien externe) par son épaisseur (plus de 20 000 pages à analyser en un mois et demi), comportait une partie demandant une dérogation à l'interdiction de détruire des espèces animales et végétales protégées. Durant la première phase du projet, celle des investigations préalables, il est notamment prévu :
- des "libérations" d'emprises, c'est-à-dire débroussailler, déboiser, défricher et créer des accès sur des parcelles de terrain.
- des sondages géotechniques.
- des diagnostics d'archéologie préventives.
Selon le dossier, l'ensemble de ces travaux porteraient atteinte en détruisant, altérant ou dégradant les sites de reproduction ou d'aires de repos plus de 223 espèces protégées. (48 de flore ; 94 d'Oiseaux ; 27 de Mammifère, dont 19 Chiroptères ; 14 d'Amphibiens ; 11 de Reptiles ; 9 d'Insectes et 4 de Poissons). Plusieurs espèces de faune et de flore relèvent particulièrement de la protection du Conseil national de la protection de la nature (CNPN), notamment la Loutre d'Europe ou le Vison d'Europe que nous ne cessons d'essayer de visibiliser. Une dérogation à l'interdiction de détruire des espèces animales ou végétales protégées est possible seulement avec l'accord du CNPN, si la perte écologique induite par des travaux peut être compensée.